纸质进出口货物报关单丢失的处理规定：   

1. 出口企业遗失出口退税报关单?向海关申请补办的，出口企业须在六个月内向海关提出补办申请，逾期海关不予受理。出口企业申请补办须出具主管其出口退税的地（市）国家税务局签发的“关于申请出具（补办报关单）证明的报告”。（署监[1992]32号） 

2. 进出口单位遗失进出口货物报关单，应书面向原签发海关申请补发。在海关报关单电子数据存储期限（一般为一年）内，原签发海关可直接调用报关单结关库予以打印补发，并在补发的报关单左上角批注“补办”字样，同时加盖“验讫章”。 

3. 对超出海关报关单电子数据存储期限，且自进出口之日起未超过三年的进出口报关单，进出口单位应持加盖单位公章的“情况说明”、“进出口货物报关情况证明”（一式三联）报所在地国家外汇管理局各分支局；外汇局根据进出口单位的实际情况，认真审核进出口单位提供的有关凭证和商业单据，通过“核查系统”及“出口收汇核销系统”核实该笔进口货物报关单或出口收汇核销单未核销后，在“进出口货物报关情况证明”外汇局意见栏内签署意见，并加盖“进口付汇核销监管业务章”或“出口收汇核销监管业务章”，将“进出口货物报关情况证明”一联同“情况说明”一并留存，“进出口货物报关情况证明”二联退进出口单位。 

4. 进出口单位需持外汇局签署意见的“进出口货物报关情况证明”到报关单原签发海关办理相关手续。海关查阅核实存档报关单后，情况正常的，由经办关员签字，并加盖“验讫章”，一联归档，一联退进出口单位办理收付及核销手续，不需再补办报关单证明联。海关查阅核实存档报关单过程中发现异常情况，如查不到存档报关单或存档报关单与“进出口货物报头情况证明”中内容不符，应区别情况处理，并在“海关意见”栏内说明处理情况。 

5. 进出口单位凭补办的进出口货物报关单、“进出口货物报关情况证明”办理收付汇及核销，与凭普通正本进出口货物报关单办理收付汇、核销的手续相同。